En el año 2199 la Tierra fue bombardeada por el planeta Gamilus y contaminada por radioactividad, por lo que la humanidad estaba en peligro de extinción. Para resolver el problema, un grupo de soldados utilizan la nave Yamato para viajar al planeta Iscandar y obtener un equipo especial que removería la radioactividad de la Tierra llamado "Limpiador de Cosmos", luchando durante el trayecto de su viaje contra las fuerzas de los Gamilius.